En 1842, Duarte se convirtió en oficial de alto rango de la Guardia Nacional, a la sazón dirigida por el Gobierno haitiano. Para ese momento el régimen impuesto por Boyer había pasado de ser un gobierno liberal y progresista a convertirse en una dictadura en medio de graves problemas económicos y fuerte resistencia interna en la parte occidental de la isla. Los trinitarios, se unieron al movimiento revolucionario reformista haitiano denominado La Reforma que terminó por derrocar a la dictadura de Boyer en febrero de 1843, colocando a Charles Hérard en la presidencia de Haití.
No obstante, las actividades independentistas de los trinitarios fueron delatadas y el nuevo presidente Charles Hérard encabezó la ocupación militar de las provincias dominicanas con el objetivo de desarticular el movimiento separatista.
